Havia em Guarujá, uma Igreja que fora desmembrada da Paróquia do Valongo por Decreto de 24/09/1934 de Dom José Maria Parreira Lara. Seus limites abrangiam toda a Ilha de Santo Amaro, e em dezembro de 1928 encontramos o Frei Maurício Lans nomeado “encarregado da Ilha de Santo Amaro, como Pároco”, este religioso pertencia à Paróquia do Valongo. O primeiro Vigário de Guarujá foi o Padre Primo Maria Vieira nomeado em fins de 1934 e aí esteve até 01/05/1936. A Igreja, cujo padroeiro era Santo Amaro (Santo que dá nome a Ilha onde se encontra a cidade de Guarujá). A Igreja era de madeira assim como muitos chalés que existiam na cidade, a primeira Igreja Matriz de Guarujá sofreu um grande incêndio em por volta de 1924 após uma Santa Missa, uma vela acesa foi a causa possivelmente do incêndio, restando apenas a imagem do padroeiro Santo Amaro,  salva pelo Sr. Atílio Gelsomini, (mais tarde foi restaurada pelo então vigário Padre Hugo Guarnieri, sdb.)

Foi feito na época uma troca de terrenos (Av. Leomil com a Av. Puglisi – atual endereço da Matriz), a troca foi feita, mas o proprietário, o português, Sr. Ricardo Fidela, muito devoto de Nossa Senhora de Fátima, só aceitou efetivar a troca se a nova Igreja ali a ser construída levasse o título de Nossa Senhora de Fátima. Como a antiga Igreja tinha como padroeiro Santo Amaro, ficou abrangendo os dois santos, sendo chamada até hoje de Paróquia Nossa Senhora de Fátima e Santo Amaro. 

Após o incêndio de 1924, a nova Igreja Matriz começou a ser construída em 1937. A época, o governador do Estado de São Paulo, era o Sr. Adhemar de Barros,  que era assíduo frequentador de Guarujá, e prometeu á Padre Arnaldo Caiaffa, mandaria ajuda financeira para concluir as obra da Igreja Matriz, o então pároco, ficou em uma situação indelicada, adquiriu todo o material necessário para concluir a obra, mas a ajuda prometida pelo governador, nunca veio… e o Padre se viu obrigado pelo constrangimento perante a população de deixar a cidade. A Igreja ficou inacabada, passaram outros padres, mas nenhum conseguiu recursos para concluir a construção da Igreja. No ano de 1954, chega à cidade de Guarujá, o Padre italiano, mais tarde feito cônego, Dom Domênico Rangoni.

Foi Dom Domênico que terminou de construir a Igreja Matriz, na década de 1960, fez a casa paroquial, o Hospital Santo Amaro que iniciou com uma maternidade com 100 leitos, uma Faculdade que mais tarde ampliou-se com o Colégio que leva seu nome, uma creche chamada Ninho Maternal, a Capela de Cristo Rei na Praia de Pernambuco, a Capela de São Paulo na Praia da Enseada, um posto médico também no Pernambuco, fez melhorias em uma Capela no distrito de Vicente de Carvalho, um centro comunitário que leva o nome do Papa João Paulo II, no bairro do Pae-Cará, todas as obras realizadas, Dom Domênico contava com a ajuda de empresários que vinham a passeio e lazer em Guarujá, nos clubes de carteado,  Dom Domenico não desperdiçava a ajuda de ninguém,  não importava a classe social, ou a religião,  tudo era para as criancinhas e para os pobres.

Em 1977, Dom Dômenico pede ao bispo diocesano a ajuda de outros padres para administrar a paróquia tendo em vista que suas atividades à frente das obras sociais e do Hospital Santo Amaro tomavam muito se tempo e o trabalho desgastava sua saúde que dava sinais de fragilidade, Dom Domênico, viria falecer no ano de 1987, Dom Davi Picão, Bispo Diocesano na época fez um pedido a congregação religiosa dos salesianos que assumissem a paróquia por 2 meses, até que a diocese se organizasse, assim se iniciava a trajetória dos Salesianos de Dom Bosco em nossa paróquia, tendo como primeiro pároco salesiano o Padre Orlando Barbosa, sdb. Com a chegada do Padre em uma de suas homilias na Santa Missa, disse que estava na paróquia para trabalhar com os jovens, afinal este era o carisma salesiano. O casal Sr. Nilson Nogueira (in memoriam) e Dona Regina Nogueira (in memoriam) estavam presentes e resolveram ajudar o padre a trazer jovens para igreja. Padre Orlando fica muito satisfeito com a notícia, e prepararam uma missa para a juventude. Naquela ocasião, estavam presentes no dia da missa muitos jovens, Dom Davi bispo diocesano estava presente na missa no qual tomou a decisão de que os salesianos deveriam ficar com a paróquia a animar os trabalhos pastorais. Padre Orlando Barbosa, sdb ficou 4 anos como pároco. Logo após veio a paróquia, o Padre Albano Slomp, sdb, tendo a presença da família salesiana até hoje em nossa Paróquia.

Ao longo do ano de 2022, a comunidade paroquial, atendendo ao pedido da diocese em nome do senhor bispo diocesano, Dom Tarcísio Scaramussa, sdb, iniciou os estudos de redimensionamento paroquial, o estudo levou a consideração de colocar como limite territorial da paróquia a rua Acre dando a nova paróquia Cristo Rei, às comunidades mais ao sul da Ilha de Santo Amaro. em Fevereiro de 2023, a Comunidade Cristo Rei torna-se a mais nova paróquia de Guarujá.

Hoje, a Paróquia de Nossa Senhora de Fátima e Santo Amaro conta com 7 Capelas e a Igreja Matriz:

• Igreja Matriz Nossa Senhora de Fátima e Santo Amaro – Centro
• Capela Santo Antônio – Jardim Santo Antônio 
• Capela Sagrada Família – Jardim Las Palmas  
• Capela Nossa Senhora da Consolata (Hospital Santo Amaro) – Vila Maia 
• Capela São Lucas – Vila Júlia 
• Capela Espírito Santo – Vila Baiana 
• Capela São João Bosco – Balneário Cidade Atlântica 
• Capela Nossa Senhora Auxiliadora – Parque Enseada 

A Paróquia é animada pelos Salesianos:

• Padre Márcio Fernando de Castro, sdb (Pároco) 
• Padre Evaristo Higa, sdb (Diretor)
• Padre Wagner de Medeiros, sdb (Vigário)
• Padre Gilberto Luiz Pierobom, sdb (Vigário)
• Diácono Paulo Henrique de Almeida Silva, sdb
• Seminarista Leandro Procópio Donizete, sdb

Equipe PasCom – Paróquia Nossa Senhora de Fátima e Santo Amaro.

Párocos da Paróquia Nossa Senhora de Fátima e Santo Amaro – De 1934 a 2021

Diocesanos 

• Padre Primo Maria Vieira – 1934 a 1936
• Padre Luiz Gonzaga dos Santos Pereira – 1936
• Padre Arnaldo Costa Caiaffa – 1936 a 1946
• Padre Nelson Fabris de Paula – 1946 a 1950
• Padre Oscar dos Santos Júnior – 1950 a 1952
• Padre Giulio Maraccini – 1952 a 1954
• Cônego Dom Domênico Rangoni – 1955 a 1977

Salesianos

• Padre Orlando Cândido Barbosa, sdb – 1977 a1982 (1º Salesiano)
• Padre Albano Slomp, sdb – 1982 a 1985
• Padre Reynaldo Zaniboni Netto, sdb – 1985
• Padre Antônio Gerotto, sdb – 1986
• Padre Antônio Corso, sdb – 1987 a 1992
• Padre Antônio Gerotto, sdb – 1992 a 1998
• Padre Anderson Paes Silva, sdb – 1999 a 2002
• Padre Marcos Roberto Sabino, sdb – 2003 a 2009
• Padre Tarcísio dos Santos, sdb – 2009 a 2010
• Padre Luiz Aparecido Tegami, sdb – 2010 a 2016
• Padre André Cunha de Figueiredo Torres, sdb – 2016 a 2019
• Padre Márcio Fernando de Castro, sdb – 2019 a 2023
• Padre Hélio Espínula Soares Pinto, sdb – 2023 até hoje.