Natural de Segóvia na Espanha, veio à luz aos 25 de julho de 1532. Pertencente a uma família cristã, teve que interromper seus estudos no primário, pois com a morte do pai, assumiu os compromissos com o comércio. Casou-se com Maria Soares que amou tanto quanto os dois filhos, infelizmente todos, com o tempo, faleceram.
Ao entrar em crise espiritual, Afonso entrega-se à oração, à penitência e dirigido por um sacerdote, descobriu o seu chamado a ser Irmão religioso e assim, assumiu grandes dificuldades como a limitação dos estudos. Vencendo tudo em Deus, Afonso foi recebido na Companhia de Jesus como Irmão e depois do noviciado foi enviado para o colégio de formação. No colégio, desempenhou os ofícios de porteiro e a todos prestava vários serviços, e dentre as virtudes heróicas que conquistou na graça e querendo ser firme na fé, foi a obediência sua prova de verdadeira humildade.
Santo Afonso sabia ser simples Irmão pois aceitava com amor toda ordem e desejo dos superiores, como expressão da vontade de Deus. Tinha como regra: “Agradar somente a Deus, cumprir sempre e em toda parte a Vontade Divina”. Este santo encantador, com sua espiritualidade ajudou a muitos, principalmente São Pedro Claver quanto ao futuro apostolado na Colômbia.
Místico de muitos carismas, Santo Afonso Rodrigues, sofreu muito antes de morrer em 31 de outubro de 1617.