Carlos, o segundo filho de Gilberto, nasceu aos 2 de outubro de 1538. Menino ainda revelou ótimo talento e uma inteligência rara. Ao lado destas qualidades, manifestou forte inclinação para a vida religiosa, pela piedade e o temor a Deus. Era seu prazer construir altares minúsculos, diante dos quais, em presença dos irmãos e companheiros de idade, imitava as funções sacerdotais que tinha observado na Igreja. Era mero brinquedo infantil. O amor à oração e o aborrecimento aos divertimentos profanos, eram sinais mais positivos da vocação sacerdotal. O ano de 1562 veio a Carlos a graça do sacerdócio.
No silêncio da meditação, lançou Carlos planos grandiosos para a reorganização da Igreja Católica. Estes todos se concentraram na ideia de concluir o Concílio de Trento. De fato, era o que a Igreja mais necessitava, como base e fundamento da renovação e consolidação da vida religiosa. Carlos, sem cessar, chamava a atenção do velho tio para esta necessidade, reclamada por todos os amigos da Igreja. De fato, o Concílio se realizou, e não exageramos se apontamos Carlos como força motriz daquela grandiosa atuação da vida católica.
Carlos quis ser o primeiro a executar as ordens da nova lei, ainda que por esta obediência tivesse de deixar a posição, para ocupar outra inferior.  Carlos sabia muito bem que a caridade abre os corações também à religião. Por isto foi que grande parte da receita pertencia aos pobres, reservando ele para si só o indispensável. Heranças ou rendimentos que lhe vinham dos bens de família, distribuía-os entre os desvalidos. Tudo isto não aguenta comparação com as obras de caridade que o arcebispo praticou, quando em 1569-1570 a fome e uma epidemia, semelhante à peste, invadiram à cidade de Milão.
Não tendo mais do seu para dar, pedia em pessoa esmolas para os pobres e abria assim fontes de auxílio, que teriam ficado fechadas. Quando, porém, em 1576 a cidade foi visitada pela peste, e o povo abandonado pelos poderes públicos, não tinha outro recurso senão o bispo; este, para não falar na ereção de hospitais e lazaretos que mantinha, visto que ninguém se compadecia do povo, ainda procurava os pobres doentes de que ninguém lembrava, consolava-os e dava-lhes os santos sacramentos.
Tendo-se esgotado todas as fontes de recurso, Carlos lançou mão de tudo o que possuía, para amenizar a triste sorte dos doentes. Mais de cem sacerdotes tinham pago com a vida, na sua dedicação e serviço aos doentes. Deus conservava a vida do arcebispo, e este se aproveitou da ocasião para dizer duras verdades aos ímpios e ricos esquecidos de Deus.
Gregório XIII, como infundadas não só rejeitou as acusações, mas ainda recebeu Carlos Borromeu em Roma, com as mais altas distinções. Em resposta a este gesto do Papa, o governador de Milão, organizou no primeiro domingo da Quaresma de 1579, um indigno préstito, carnavalesco pelas ruas de Milão, precisamente à hora da missa do arcebispo. O mesmo governador, que tanta guerra ao Prelado movera, e tantas hostilidades contra São Carlos estimulara, no leito de morte reconheceu o erro e teve o consolo da assistência do santo bispo na hora da agonia.
Seu sucessor, Carlos de Aragão, duque de Terra Nova, viveu sempre em paz com a autoridade eclesiástica. O arcebispo gozou deste período só dois anos. Quando em outubro de 1584, como era de costume, se retirara para fazer os exercícios espirituais, teve fortes acessos de febre, a que não ligava importância e dizia: “Um bom pastor de almas, deve saber suportar três febres, antes de se meter na cama”. Os acessos renovaram-se e consumiram as forças do arcebispo.
Provido dos santos sacramentos, expirou aos 3 de novembro de 1584. Suas últimas palavras foram: “Eis Senhor, eu venho, vou já”. São Carlos Borromeu tinha alcançado a idade de apenas 46 anos, e a sua morte foi muito pranteada. Para evitar uma inscrição pomposa na campa, tinha determinado no testamento que, no túmulo, lhe lessem as seguintes palavras: “Carlos, Cardeal, com o título de Santa Praxedes, arcebispo de Milão, que se recomenda à oração fervorosa do clero, do povo e do sexo feminino piedoso, em vida escolheu este monumento para si”. Paulo V, canonizou-o em 1610 e fixou-lhe a festa para o dia 04 de novembro. O Corpo do santo em boa conservação repousa na cripta do “duomo”, de Milão.
A Igreja também celebra hoje a memória dos santos: Claro e Vital.