A história da Paróquia São João Bosco começou por volta de 1955, com o Oratório Casa Dom Bosco – como era chamada por volta de 1955 – começou a história da Paróquia Dom Bosco. Hoje abrange o Alto da Lapa, parte do Alto de Pinheiros, Boaçava e parte da Lapa, atingindo mais quase trinta mil pessoas.

A construção da primeira capela que substituiu o pequeno chalé que seria improvisadamente para atender ao Oratório Festivo teve participação fundamental da comunidade na arrecadação de verbas.Com a capela em funcionamento, aumentou o número de fiéis e a comunidade ganhou cada vez mais importância no cenário do bairro. Diante de tudo isso, o então Arcebispo de São Paulo, Cardeal Dom Ângelo Rossi, decidiu elevar a Comunidade à Paróquia, desmembrando-a da Paróquia de São João Batista, da Vila Ipojuca, confiando-a aos filhos de Dom Bosco (salesianos) para que o trabalho pastoral fosse marcado por uma centralidade na formação dos jovens. Exatamente aos oito de outubro de 1965 foi lavrada a ata de fundação da Paróquia de São João Bosco do Alto da Lapa.

A direção ficou definitivamente por conta dos Salesianos de Dom Bosco do Instituto Teológico Pio XI, sendo o Padre Essetino Andreazza, seu primeiro pároco. Padre Essetino esteve à frente da comunidade por seis anos. À nova paróquia foi anexada a escola do SESI que funcionava ao lado da capela e atendia 186 alunos, inclusive com curso de alfabetização de adultos.

A nova paróquia, onde já eram celebradas missas, passou também a gozar de todos os direitos e privilégios, tendo os seus próprios Livros de Assentamentos de Batizados, Casamentos e Tombo (onde são registrados todos os fatos e ocorrências da comunidade).

O movimento nas celebrações já era tão grande que a nova capela também ficou pequena. Mais uma vez, portanto, a comunidade começou a se movimentar para construir um templo maior, mais de acordo com as exigências da região. A proposta era a de construir, na região mais alta da cidade, a primeira igreja especialmente projetada, atendendo à moderna liturgia.

Vários empecilhos foram aparecendo durante a construção do projeto original, surgindo um segundo projeto adaptado ao terreno e dando origem à atual Igreja. Na nova igreja também foram acrescentados muitos detalhes que não estavam no projeto original. O edifício era novidade para a época e vários estudantes da USP o visitavam para conhecer aquele projeto tão avançado.

Foi aos vinte e oito de agosto de 1977, às 10 horas, a inauguração oficial da igreja nova, ainda com o prédio inacabado, faltando a sacristia, um local para confissões, lustres e serviços de som, tabernáculo, marquise em frente às portas e revestimento das paredes internas, obras que foram posteriormente finalizadas.

As imagens de Dom Bosco e Nossa Senhora Auxiliadora vieram da Itália no dia 27 de maio de 1978, justamente quando se iniciava uma vigília de orações e cantos em louvor a Nossa Senhora.

Atualmente, a Paróquia São João Bosco possui um amplo trabalho de evangelização que conta com mais de quarenta grupos, atendendo também às comunidades de Nossa Senhora da Esperança (BNH) e Mãe Rainha (Condomínio Ilha do Sul), além das capelanias do Instituto Anjo da Guarda e Instituto Teológico Pio XI. Aos fins de semana, as celebrações reúnem cerca de 1.500 fiéis.